לאחר שהחלטת בג״ץ ההוראה לצה״ל להציג לוח זמנים להשבת תושבי מחנות הפליטים בג'נין, טול כרם ונור א-שמס עוררה התנגדות חריפה, שמו מספר בכירים בממשלת ישראל את כובד המילים על ההשפעה האפשרית של ההחלטה.
בצלאל סמוטריץ', שר האוצר והשר במשרד הביטחון, הצהיר ש"שלושת שופטי בג״ץ - עמית, שטיין וכבוב, מסכנים את ביטחון ישראל". הוא טוען כי הם מתערבים באופן חסר אחריות בשיקולים הביטחוניים, ובכך כובלים את ידי צה״ל. סמוטריץ' קרא לראש הממשלה נתניהו לא לציית להחלטת בג״ץ, ולהנחות את צה״ל לא לפעול לפי ההוראות החדשות.
ישראל כ״ץ, שר הביטחון, גיבה את דבריו של סמוטריץ' והבהיר כי הוא מתנגד להתערבות בג״ץ במבצעי צה״ל, המיועדים להגן על חיי ישראלים. הוא אף הדגיש שהשארת צה״ל במחנות הפליטים היא צורך ביטחוני ולא עניין משפטי, והצדיק את הצעדים הצבאיים והרגולטוריים שגובשו כדי להתמודד עם האיום שהמחנות מציבים.
ראשי מועצות ביהודה ושומרון, כמו עוזאל ותיק מראש מועצת קדומים ושי אלון מראש מועצת בית אל, גם יצאו במתקפות חריפות על בג״ץ, וכינו את ההחלטה "שערורייתית" ו"מסוכנת".
ביקורת זו מהווה המשך לדיונים השוטפים סביב תפקיד בג״ץ בנושאים ביטחוניים, בעקבות השפעות המצב הביטחוני בארץ וחובת השמירה על חיי האזרחים והחיילים כאחד.